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有几种可能：
1）板上SD卡里面存储有时钟配置，一上电就会自动读取SD里面的配置，而这个配置与你想要的频率不符；拔掉SD卡试试看；
2）时钟腿没有约束成lvds；板上是lvds的，vivado里面约束成SSTL之类的不相匹配的电平标准；
3）时钟腿的termination约束不对，比如板上要求是enable termination，但是vivado里面没有enable（rtl或者xdc）；或者反过来；